Biserica a fost lărgită (lucrări în stil gotic) și a fost ridicată o mănăstire lângă aceasta, cu sprijinul domnitorului Ioan de Hunedoara, complexul revenind ordinului Dominican. Odată cu alungarea ordinelor religioase catolice de către protestanți în martie 1556, clădirea mănăstirii nu a mai fost folosită cu scop religios. Până în 1557 în cladire a locuit regina Ungariei Izabella, după care lăcașul a fost transformat în școală (unitariană din 1558). Din 1609, din dorința principelui Gabriel Báthory, clădirea a fost donată cultului reformat-calvin. Odată cu anul 1728 franciscanii, reveniți în oraș, inițiază o campanie de restaurare a bisericii și construiesc turnul, acesta fiind principala componentă în stil baroc.
Ansamblul mănăstire-biserică este dispus pe trei laturi, în jurul unei curți interioare spre care se deschideau arcadele frânte ale foișoarelor. Încaperile monastice adăposteau chilii, săli de bibliotecă, dormitoare comune, spații administrative etc.. Tot aici se află și o vestită școală, la care a învațat Nicolaus de Mirabilibus, devenit mai tarziu profesor la Universitatea din Florența.

În interiorul mănăstirii se află o bibliotecă vestită a franciscanilor, colecție care depășea o mie de volume. În perioada anilor 1906-1948 în mănăstire a funcționat tipografia Sfântul Bonaventura, care tiparea diverse reviste religioase („Lumea catolică”, „Sfânta Cruce” s.a.).
Din anul 1898, în fața bisericii se află amplasat Obeliscul Carolina, după mutarea sa din Piața Unirii.
Cele mai recente restaurări ale edificiului au fost efectuate în perioada 1976-1978, urmate apoi de altele în 1980-1986. Cu aceste ocazii au fost redescoperite o serie de elemente gotice ale lacașului.

În 1949 lacașul a fost confiscat franciscanilor, după ce autoritățile comuniste au decis să dizolve ordinul franciscanilor în România, iar cladirea mănăstirii a adapostit „școala de Muzică”, devenită ulterior „Liceul de Muzică Sigismund Toduță”. Din anul 1990 biserica a revenit în proprietatea ordinului romano-catolic franciscan, împreună cu o parte din vechea mănăstire.

Ultimele articole
Expoziția Instagramabilă de Lumini „Small World”
Garden of Lights la Grădina Botanică
Un nou muzeu pe harta Clujului
Mina - cel mai mare centru de artă imersivă și instalații interactive din Europa
MINA lansează Monet: The Immersive Show