Muzeul a fost inaugurat în anul 1954. Ulterior, din anul 1963, Muzeul Farmaciei a primit numele de Colecția de Istorie a Farmaciei fiind subordonată Muzeului Național de Istorie a Transilvaniei.
La originea acestui muzeu se află colecția de obiecte farmaceutice transilvănene a profesorului Iuliu Orient (1869-1940), expusă în anul 1904 într-una dintre sălile Muzeului Ardelean. Această colecție, însumând 1800 de piese, a fost donată muzeului, fiind îmbogățită pe parcursul timpului prin alte donații valoroase care ilustrează activitatea farmaceutică din Transilvania între secolele XVI – XX.
Oficina (încăperea în care se vindeau medicamentele) este decorată cu o pictură murală în stil baroc, care datează din anul 1766. Această decorațiune de oficină este unică în România.
Mobilierul farmaceutic autentic datează din secolele XVII – XIX. Sunt expuse vechi vase farmaceutice de diferite tipuri, produse farmaceutice, vechi cărți și documente importante. În camera materiale sunt expuse peste 200 de vase farmaceutice din lemn, datate între secolele XVII-XIX. În acest tip de vase farmaciștii păstrau pulberile obținute din plante medicinale și unele pulberi minerale. Mai există o farmacie portativă din lemn, ale cărei sertărașe conțin numeroase sticluțe cu etichete corespunzătoare.
În subsolul farmaciei vom găsi ambianța unui laborator farmaceutic medieval unde avea acces numai farmacistul cu asistenții săi. Aici sunt expuse obiecte vechi, utilizate în trecutele veacuri pentru prepararea leacurilor tămăduitoare. Pot fi vazute numeroase retorte din sticlă, distilatoare din aramă, percolatorul (instalație pentru obținerea tincturilor), recipiente și castroane din bronz și aramă, vase farmaceutice și mensuri din cositor, un suport cu malaxoare din lemn, vechi recipiente din sticlă, ceramică și lemn, mojare din bronz și fontă.