În conformitate cu sursele istorice şi cu rezultatele investigaţiilor arheologice, în ultima treime a secolului al XI-lea – cel mai devreme în perioada regelui Bela I (1060-1063), iar cel mai târziu perioada regelui Ladislau I cel Sfânt (1077-1095), pe promontoriul din dreapta Someşului, la ieşirea din Cluj, pe drumul spre Oradea este fondată o abaţie regală benedictină, dedicată Sfintei Fecioare Maria. Denumirea vechiului sat (actualmente cartier al Clujului) Mănăştur atestă existenţa aici a mănăstirii benedictine (monasterium, în lb. latină; monostor, în lb. maghiară). Epoca de glorie a aşezământului monastic va dura până la domnia regelui Bela al III-lea (1172-1196). Abaţia regală din Mănăştur a fost o mănăstire exemptă, aceasta fiind scoasă de sub jurisdicţia episcopului Transilvaniei şi subordonată direct arhiepiscopului de Strigoniu (Esztergom). Această realitate va genera o serie de stări conflictuale şi confruntări armate între episcopul Transilvaniei şi abatele de Cluj-Mănăştur. Asemenea mănăstirilor de fundaţie regală contemporane, şi cea de la Cluj-Mănăştur era o bazilică cu trei nave, ale cărei ziduri se păstrează parţial în structura bisericii actuale. Puternic afectată de invazia tătaro-mongolă din anii 1241-1242, aceasta va fi renovată abia în preajma anului 1280. La nord de actuala navă a bisericii a fost identificată o rotondă, un edificiu cu plan circular la exterior şi cu şase absidiole spre interior, ridicată foarte probabil în această perioadă. După anul 1339, mănăstirea va funcţiona şi ca loc de adeverire, o instituţie care îndeplinea rolul notariatelor, devenind astfel una dintre cele mai importante instituţii publice din Transilvania medievală. În epoca Reformei, la 1556, abaţia şi domeniile sale vor trece în posesia Fiscului, ultimii călugări rezidenţi aici părăsind mănăstirea. În trei perioade distincte, între anii 1581 şi 1588, după 1614 şi apoi din nou la finalul secolului XVII, stabilimentul se va afla în posesia Ordinului Iezuit. Invazia tătară din anii 1658-1661 va distruge complet edificiile mănăstirii. În anii 1780, biserica era folosită drept grânar, iar la începutul secolului al XIX-lea pietrele acesteia au fost refolosite la unele construcţii din oraş. Din biserica mănăstirii s-a păstrat doar corul şi sacristia, unde va fi amenajată o capelă, folosită doar cu ocazia sărbătorilor mai importante. Între anii 1895 şi 1896, Episcopia Romano-Catolică a Transilvaniei a construit o navă nouă în faţa capelei, a supraînălţat şi a reconstruit bolţile corului. În anul 1925, edificiul va fi închiriat Bisericii Greco-Catolice pentru o perioadă de 25 de ani, însă în anul 1948, ca urmare a desfiinţări acesteia, lăcaşul de cult va ajunge în administrarea Bisericii Ortodoxe. În perioada 1991-1994, credincioşii romano-catolici şi cei ortodocşi au folosit edificiul de cult împreună, pentru ca în anul 1994 Biserica Romano-Catolică să redobândească proprietatea deplină a acestuia.
Corul bisericii a fost ridicat din piatră brută, muchiile închiderii poligonale fiind construite din piatră de talie. Pe latura de sud-est a corului, sub cornişa rezultată în urma restaurării din secolul XIX, a fost zidit un relief din piatră reprezentând un leu, provenind probabil de pe un monument funerar din epoca romană. Pe latura sudică a acestuia se găseşte un cadran solar cu inscripţie, datat în jurul anului 1440, care aminteşte un anume Antonius, probabil abate al mănăstirii. Sacristia a fost adosată ulterior pe latura nordică a corului. Nava neogotică a fost ridicată din pietre de talie, ferestrele acesteia imitând forma celor din cor. Portalul vestic este o copie neogotică a celui original, păstrat în Lapidarul Medieval al Muzeului Naţional de Istorie a Transilvaniei din Cluj. Deasupra portalului fusese amplasată sculptura neogotică din piatră reprezentând-o pe Fecioara Maria, opera pietrarului clujean Bertha Mihály. În interiorul bisericii, în zidul navei au fost încastrate cu ocazia construcţiilor din secolul al XIX-lea câteva monumente funerare din veacurile XVIII-XIX. Arcul de triumf este neogotic. Corul este acoperit cu bolţi în cruce pe ogive. Bolta actuală a fost reconstruită cu prilejul restaurării de la sfârşitul secolului al XIX-lea, probabil pe baza elementelor fragmentare originale, gotice păstrate. Sacristia este acoperită de o boltă în cruce gotică. Corul a fost construit probabil la mijlocul secolului al XV-lea, în perioada abatelui Anton, fiind contemporan probabil cu cadranul solar şi cu portalul original vestic, azi în Muzeu. Sacristia datează probabil de la finele secolului al XV-lea. Faţada vestică – dispărută astăzi – flancată de două turnuri, a fost ridicată în anul 1508.
În urma restaurărilor de după anul 1994, biserica a fost decorată cu 11 noi vitralii. Orga din cor a fost achiziţionată de la comunitatea evanghelică din Daia. Construită de meşterul din Biertan, Samuel Maetz, iar ulterior amplificată de Samuel Binder, aceasta a fost complet renovată în anul 1997, şi din nou amplificată în anul 2000. Între anii 1996 şi 1997 s-au efectuat noi investigaţii arheologice şi cercetări de parament, urmate de ample lucrări de restaurare. Ca o recunoaştere a recondiţionării exemplare a monumentului, acestuia îi este conferită distincţia ”Europa Nostra” pentru bune practici în conservarea patrimoniului cultural.
În zona aleii de acces din sud-estul bisericii se află o clopotniţă, proiectată de arhitectul Károly Kós în anul 1922 şi capela Calvaria, ridicată în anul 1831. La sud de biserică mai sunt vizibile câteva monumente funerare din secolul al XIX-lea.