Din anul 1568 – timp de aproape 150 de ani – edificiul de cult din centrul Clujului a fost folosit de către biserica unitariană, confesiune devenită majoritară în oraş. Pe parcursul secolelor XVI-XVII, biserica unitariană din Cluj a fost formată din două comunităţi distincte, cea a saşilor şi cea a maghiarilor. După anul 1661, celor două li se adaugă şi o importantă comunitate de unitarieni polonezi, refugiaţi la Cluj datorită măsurilor drastice întreprinse de către Contrareforma catolică din Polonia. Din momentul constituirii noii confesiuni, Clujul a devenit centrul unitarianismului transilvănean, poziție păstrată de către oraș până în prezent.
La câteva decenii după integrarea Transilvaniei în Imperiul Habsburgic, au fost adoptate o serie de măsuri în favoarea bisericii romano-catolice. Printre cele mai importante inițiative s-a numărat și retrocedarea unor biserici pierdute în timpul Reformei. Ca urmare a unor decrete imperiale, biserica din Piaţa Centrală a oraşului Cluj a fost cedată în anul 1716 cultului romano-catolic. În acest context, biserica unitariană va fi nevoită să-şi ţină slujbele în diferite case particulare ale oraşului, la începutul secolului al XVIII-lea funcționând în paralel patru săli de rugăciune. La sfârşitul veacului, în oraș mai existau doar două săli de rugăciune. În acest context – și beneficiind de efectele “Edictului de toleranţă” al împăratului Iosif al II-lea – în anul 1791 a apărut ideea construirii unei biserici pentru comunitatea unitariană clujeană. În acelaşi an se va decide şi locul viitoarei biserici, pe amplasamentul a trei case de pe latura de nord a străzii Ungureşti ”de Interior” (astăzi b-dul. 21 Decembrie 1989). În anul următor au fost demarate lucrările de demolare a celor trei imobile și s-a aşezat piatra de temelie a lăcașului de cult. Noua biserică unitariană a oraşului a fost ridicată, conform contractului semnat cu arhitectul Anton Türk, între anii 1792 și 1796. Lucrările de dulgherie au fost realizate de către Anton Überlacher, mobilerul de către István Vas, amvonul din alabastru fiind opera unui pietrar necunoscut. Acesta din urmă a fost realizat după planul lui A. Türk, la comanda episcopului István Lázár. Lucrările de construcție a edificiului au epuizat toate fondurile bisericii, astfel că orga a fost comandată meșterului de orgi Samuel Metz din Biertan, abia în anul 1804. Aceasta – o piesă cu zece registre și prospectul decorat de către pictorul György Posoni – a fost predată în anul următor. În anul 1928 a fost înlocuită cu o orgă realizată de firma lui Ferenc Szeidl din Oradea.