Locul pe care se va construi complexul se afla la vest de fortificațiile medievale ale orașului, pe un versant acoperit cu grădini și traversat de un curs de apă, care oferea bolnavilor un ambient foarte potrivit. Punerea în operă a corpurilor spitalului s-a realizat în mai multe etape, ansamblul divizându-se de la început în complexul spitalicesc „de jos”, ocupat de marea majoritate a clinicilor (1886-1888, 1897-1899, 1903-1908) și în cel „de sus”, constituit din pavilioanele Clinicii de Psihiatrie și Neurologie (1900-1901). Primele două construcții realizate au fost sediile Institutului de Fiziologie și Igienă și Anatomia, proiectate de arhitectul budapestan Alajos Hauszmann. După finalizarea acestora, în anul 1896, oficialitățile – considerând proiectul prea costisitor – îi vor desemna pe arhitecții Flóris Korb și Kálmán Giergl pentru realizarea unuia nou. Cei doi au propus amenajarea viitoarelor construcții în sistem „colonie”, pe două terase paralele, unite printr-o rețea de alei și sprijinite de ziduri ample. Prima terasă cuprindea clădirea Institutului de Fiziologie și Igienă, Chirurgia, Direcțiunea, Clinica de Boli Interne și Clinica de Nașteri și Ginecologie, iar cea de-a doua era ocupată de Pavilionul Gospodăresc, Oftalmologia, Clinica de Boli de Piele și Sifilis și Institutul de Anatomie. Micșorarea treptată a bugetului a impus și construcția unor clădiri mai modeste, cum a fost, spre exemplu, Pavilionul Bolilor Contagioase. Incinta s-a extins ulterior cu o a treia terasă, unde s-au construit Pavilionul Călugărițelor și Pavilionul Bolilor de Plămâni (1903-1908).
Planul complexului conținea o axă de simetrie perpendiculară pe str. Clinicilor, compusă din intrarea principală, un parc și o scară monumentală. O placă inaugurală va marca realizarea complexului spitalicesc. Caracterul peisager al ansamblului, datorat vegetației, diferențelor de nivel și vecinătății cu Grădina Mikó – prima grădină cu caracter botanic a Clujului, contribuia la menținerea unui mediu ambiental sănătos. Această stare de fapt era una conformă cu concepția medicală a timpului, care acorda ansamblurilor spitalicești un rol esențial în recuperarea bolnavilor.
Complexul „de sus”, organizat în sistem pavilionar, s-a extins în anul 1902 prin construcția locuinței directorului clinicii, Károly Lechner, proiectată de fratele său, părintele Secessionului maghiar, Ödön Lechner.
La inaugurare, capacitatea spitalului însuma 594 de paturi destinate tratamentului bolnavilor, alături de numeroase spații de învățământ (spre exemplu, amfiteatrele de anatomie). Sistemul cu clădiri independente a generat scheme funcționale clare, majoritatea corpurilor având planul în forma literei H sau U. Preluarea modelului budapestan (al Institutului de Medicină Legală al Facultății de Medicină) în limbajul fațadelor de cărămidă glazurată i se datorează lui A. Hauszmann, adeptul combinației dintre limbajul decorativ neo-renascentist și cărămida aparentă. Au apărut astfel compoziții simetrice și fațade echilibrate. Limbajul stilistic a fost preluat și de F. Korb și K. Giergl, care îl vor combina cu elemente decorative de tip Secession. Marea atenție acordată detaliilor se observă la modelarea ancadramentelor și a frontoanelor, la cornișele decorative ale coșurilor de fum sau la vazoanele streșinilor decorate cu motive geometrice. La interior, în spațiile de primire, acestea sunt subliniate de balustradele pretențioase cu vrejuri florale, care reușesc să creeze efecte decorative de o expresivitate neașteptată.
În cazul complexului „de sus” arhitecții s-au orientat spre o structură construită inspirată din cea a locuințelor, pentru ca împreună cu parcul ce le înconjura să alcătuiască o atmosferă senină și relaxantă, cu rol de adjuvant în tratamentul bolilor psihice. Ideea unei arhitecturi domestice era susținută și de frontoanele triunghiulare, unde lemnul aparent, alternat cu suprafețe tencuite, amintește de neo-renașterea germană.
O premieră absolută pentru Cluj au reprezentat-o ascensoarele cu acționare electrică, date în folosință în anul 1899. Numărându-se printre primele ansambluri în care s-a introdus curentul electric, complexul „de jos” avea corpuri de iluminat metalice fixate pe zidurile clădirilor și lampadare metalice independente cu picior, unele pretențios decorate cu motive florale sau volute.
Complexul și-a păstrat forma inițială până după anul 1990, când situația s-a schimbat radical prin apariția unor clădiri supradimensionate sau construcții anexe amplasate haotic, ce i-au afectat grav substanța și valoarea arhitecturală. În pofida acestei stări de fapt, majoritatea pavilioanelor și-au păstrat în mare parte funcțiunile inițiale până astăzi.