În anul 1490 este documentată o contribuție regală acordată în contextul începerii lucrărilor de construcție. Cu același prilej, regele îl trimite la Cluj pe un anume frater Ioannes, pentru a coordona lucrările pe șantierul mănăstirii. Suportul regal pentru acesta va continua și sub regele Vladislav I, la 1494 fiind emisă o nouă diplomă pentru finanțarea lucrărilor. În anul 1503, biserica este pomenită ca fiind deja existentă.

Alungarea, la 1556, a franciscanilor din oraș de către noua conducere protestantă a orașului a însemnat trecerea bunurilor acestora în proprietate publică, precum și distrugerea altarelor bisericii. În anul 1581, orașul ceda vechiul convent franciscan Ordinului Iezuit. Acesta din urmă va iniția lucrări de reparație și extindere-amenajare a ansamblului, cu scopul de a înființa aici un Colegiu (o instituție de învățământ superior). La 1603 biserica și noile amenajări iezuite sunt devastate de către clujenii unitarieni. Cu acest prilej este distrusă bolta și este demolat acoperișul bisericii, iar mobilierul interior este tăiat în bucăți. Din zidurile ansamblului sunt folosite spolii pentru diferite construcții ale orașului, iar biserica ajunge să fie folosită ca depozit pentru fân.