Colectia sistematica de minerale ilustreaza peste 700 de specii distincte de minerale (inclusiv varietatile lor estetice, de tip „floare de mina” sau pietre de podoaba) din intreaga lume. Este cel mai bogat fond stiintific sistematic din Romania. Include o importanta colectie de aur nativ (450 de esantioane), cu precadere din zona Rosia Montana.
Colecția de geme din România este singura prezentare sistematică de acest tip din țară, ce pune în valoare potențialul natural local (peste 98 de localități diferite) de pietre fine – în special reprezentate prin varietăți de cuarț și roci ornamentale. Colecția de geme (pietre prețioase și fine) reunește 250 de exemplare de minerale prelucrate (diamant, smarald, acvamarin, rubin, safir, turmalin, topaz, zircon, turcoază, granati, ametist, citrin, calcedonii, opal nobil, opal de foc etc.) într-un cabinet de epocă din sec. XIX.
Colecția de meteoriți este singura de acest gen din România. Întrunește peste 200 de exponate din întreaga lume. Nucleul colecției de meteoriți il constituie fragmentele din meteoritul „Mocs”, căzut în 1882 pe raza comunei Mociu (jud. Cluj). Cel mai mare dintre aceste fragmente cântărește 35,7 kg. Colecția s-a îmbogățit recent cu peste 30 de noi exponate donate de colecționari din țară și străinatate, între care meteoriți din Sahara, tectite și un pseudometeorit (fabricat industrial).
Rolul asumat al Muzeului de Mineralogie este acela de conservare și studiere a patrimoniului natural și a diversității de minerale și roci, în colaborare cu membrii Catedrei de Mineralogie. O altă misiune importanță este aceea de educare, în special a tinerei generații. Anual, muzeul se bucură de peste 500 de vizitatori, dintre care peste 85 % sunt elevi și studenți din Cluj-Napoca. În rândul acestora, vizitele tematice ghidate și proiectele educative concepute special, pe categorii de vârstă („În căutarea comorii”, „Testul grilă”, sau „Top 10”) se bucură de un real succes.
Se pot organiza vizite ghidate pentru grupuri de min. 6 persoane (pentru școli generale, licee este necesară prezența unui insotitor), cu planificare în avans.Muzeul poate fi ocazional închis pentru publicul larg (în general, în luna august). Pentru evitarea oricărui inconvenient, se recomandă planificarea vizitelor în avans.