Prima atestare documentară a bisericii satului Sf. Petru datează din a doua jumătate a secolului al XIV-lea. În epoca Reformei, în ultimii ani ai deceniul șapte ai secolului al XVI-lea, biserică este preluată de către cultul unitarian, slujind nevoile acestei comunităţi până în anul 1716. În acest din urmă an, edificiul de cult – împreună cu biserica parohială Sf. Mihail – reintră în posesia confesiunii romano-catolice. La 1725 biserica a fost donată Ordinului Minorit, membrii acestuia stabilindu-se în conventul refondat la sud de lăcașul de cult. Ulterior, la sfârşitul anilor 1770, după construcţia bisericii minorite de pe actualul Bulevard al Eroilor şi a conventului adiacent, ordinul se mută în centrul oraşului, iar vechile edificii ale acestuia din satul Sf. Petru primesc funcţia de azil de bătrâni şi spital. Biserica, dedicată acum patroanei săracilor, Sf. Elisabeta, va fi utilizată ca și capelă a acestei noi instituții de asistență socială.

Din cauza unor probleme de structură, vechea biserică a fost demolată. În perioada 1844–1846 a fost construită actuala biserică, după proiectele celui mai important reprezentant al arhitecturii romantice din Transilvania, arhitectul clujean Anton Kagerbauer. Tot în această perioadă, la sud de biserică a fost edificată şi clădirea cu un etaj, în stil neo-gotic, a azilului.